1979年任余允抗助导，其后又为翁维铨、于仁泰、许鞍华、谭家明、严浩、梁普智、区丁平等担任助导。
1985年独立执导处女作《女人心》。又再任助导。
1986年完成《地下情》，颇受好评。其后再由邱刚健编剧，陆续执导《胭脂扣》（1988）和《人在纽约》（1989）；前者获香港金像奖最佳电影、导演、女主角等7个奖项，获金马奖最佳女主角、摄影等奖项，后者获金马奖最佳剧情片、女主角、摄影等奖项。
1991年执导《阮玲玉》，不仅使张曼玉勇夺金马、金像的最佳女主角奖，更荣膺柏林影展影后。
关锦鹏的其他作品另有《两个女人，一个靓一个唔靓》（1992，短片）、《斯琴高娃的二三事》（1993，纪录片）、《一世人两姊妹》（1993，纪录片）、《红玫瑰白玫瑰》（1994）、《念你如昔》（1997，纪录片）、《愈快乐愈堕落》（1998）、《有时跳舞》（1999）、《蓝宇》（2001）等。为纪念世界电影诞生100周年，他拍摄了纪录片《男生女相》（1996），并在其中公开自己的同性恋取向，引起不小的震动。此外，他也策划了《少女心》（1989）、《阿婴》（1990），并监制了《飞一般爱情小说》（1997）和《心猿意马》（1999）。新近拍摄了电视剧《画魂》，以及根据王安忆同名小说改编的《长恨歌》（2005）。目前正在筹拍《梅兰芳》、《花落风流》。关锦鹏创作认真，风格婉约细腻，多以女性或同性恋者为关注对象，带有浓郁的女性主义倾向，是香港重要的艺术片导演之一。
1998年2月14日，情人节当天，《愈快乐愈堕落》在香港首映，也就是在那天，导演关锦鹏对外界承认其同志身份。本片构思、情绪均有新意，角色的情欲思绪和经历透过三男两女：一个异性恋，一个同性恋，一个双性恋；两个一模一样的女人，一生一死，复杂地交织在一起。编剧是隶属前卫剧团“进念二十面体”的资深文人魏韶恩，同属“进念”的音乐人于逸尧、梁基爵做电影原声音乐。性关系混乱带出不安躁动的表述。重新探索现代人空虚寂寞的心境，充满细微的洞察力，调子阴沉。角色的描写非常深刻，如陈鸿基的落寞、曾志伟的孤独、柯宇纶的青春躁动，以及邱淑贞先后两个不同的角色。影片讲身份认同和身份混淆，处处充满同志的感性，“青马大桥上的密云”跟香港的命运存在微妙的关系，是香港人的身份认同。
1976年就读于香港浸会学院传理系。同时参加香港无线电视台影视培训班。1978年任无线电视台助理场记、助理编导，师从余台杭、许鞍华等。1984年执导处女作《女人心》。1986执导《地下情》Love Upto Waste被评为当年最实座的影片。1987年执导《胭脂扣》Rouge。在导演手法上采用时空交错、把过去与现在、回忆与联想、幻觉与现实揉和在一起，造成新颖独特叙事结构，用80年代的视点去观察30年代的生死恋，成为香港新电影的代表作。影片获第八届香港金像奖最佳导演奖及最佳作品奖，并获法国第十届第三世界影展金球奖、意大利都灵国际电影节评审员特别大奖，成为香港当年十大华语卖座片之一。1989年执导《人在纽约》Full Moon in New York后，艺术创作进入了新阶段。放弃戏剧性处理手段，以迫近真实的记实手法表达个人的感受，重在渲染情绪。为香港新电影再创丰碑。获第二十六届台湾金马奖最佳剧情片奖等8项奖。被评为1990年香港十大华语卖座片之一。1991年执导《阮玲玉》Actress。巧妙地运用时空交织发展的时空蒙太奇，用“戏中戏”“片中片”拼出“解构”方式。表现对历史、对现实生活的思考，将历史的阮玲玉与现实饰演的阮玲玉相互对比表现两者间微妙的冲突与差异。深化了影片历史厚度与深度，获第二十八届金马奖、评审团特别推荐奖等3项奖、第十二届香港金像奖最佳女主角奖等4项奖、第四十二届西柏林国际电影节银熊奖。他本人获芝加哥国际电影节最佳导演奖。1994年执导《红玫瑰、白玫瑰》，采用插入对白字幕的方法 ，细腻挖掘女性心理特征，别具一格，获第三十一届台湾金马奖最佳编剧、最佳女主角、最佳美术、最佳音乐等5项奖。《三个女人的故事》1989，获第二十六届台湾金马奖最优秀作品奖。